蛋白創製研究部は2001年(平成13年)に当時豊島区大塚にあった（財）癌研究会癌研究所に新設された部です。2005年(平成17年)3月には大塚から江東区有明に移転し、2011年(平成23年)4月からは、公益財団法人化にともない、名称を「公益財団法人がん研究会 がん研究所 蛋白創製研究部」と変えています。部の名前からも分かるように、タンパク質や遺伝子の構築原理を、主に人工進化系を用いて明らかにする研究を進めてきていますが、近年は人工タンパク質、人工ペプチド、およびこれらの無機材料との複合体を用いた、がんの予防・診断・治療に貢献できる新しい技術の開発に取り組んでいます。左は4代目HPの作成を記念して作られた蛋白創製研究部のイメージキャラです。意味は特にありません。